在完成危害分析己掌握危害因素的基礎上，就應確定必須要控制的關鍵控制點。CCP的確定必須是在食品生產過程中消除或控制有害微生物的任何環節上，如果所有環節都成為關鍵點，那么就無關鍵可言，但不同類型的關鍵控制點是有不同程度的控制效果的，某些控制點(CCP1)可以消除危害，而另一些控制點 (CCP2)則起到預防或最大程度地減輕危害，因此還應確定不同類型的關鍵控制點，以便采取不同的控制措施。一般須回答下面5個問題來確定關鍵控制點：
    (1)原料中是否含有不可接受的危害的可能性?
    (2)加工過程和預期的消費活動中，是否能將危害消除或降低到可接受的(安全的)水平?
    (3)半成品和最終產品的結構或配方組成是否能防止危害或使危害增加到不可接受的水平?
    (4)是否有可能將危害引入再污染或一個存在的危害將增加到不可接受的水平?
    (5)加工過程是否能消除危害或將危害降低到可接受的水平?